Profesores: 

• Paulino Gómez Puertas. CBMSO. <pagomez@cbm.uam.es>
• Eduardo López Viñas. CBMSO. <edulovi@cbm.uam.es>
• Jesús Mendieta Gómez. CBMSO. <jmendieta@cbm.uam.es>

<http://www.cbm.uam.es/bioweb>

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Horario y aula:

• Lunes 16 a viernes 20 de Junio de 2007.
• Mañanas, de 10h a 13h; tardes, de 15h a 18h (el viernes 20, sólo por la mañana).
• Aula de Doctorado del Centro de Recursos para el Aprendizaje y la Investigación.

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Lunes 16.
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• Introducción.

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• Estructura de proteínas. Comparación de estructuras. Bases de datos. Visualización. 
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Martes 17.
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• Estructura de ácidos nucleicos. Algoritmos de predicción de estructura secundaria de RNA y DNA. 
 
• Bases de datos de secuencia. SRS.
 
• Alineamientos de secuencias de ácidos nucleicos y proteínas. Búsqueda en bases de datos de secuencias Alineamiento múltiple de secuencias. Extracción de información de alineamientos de secuencia: patrones, perfiles y dominios.


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Miércoles 18.

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• Alineamientos de secuencias de ácidos nucleicos y proteínas. Búsqueda en bases de datos de secuencias Alineamiento múltiple de secuencias. Extracción de información de alineamientos de secuencia: patrones, perfiles y dominios. 

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• Filogenias moleculares. Sistemática molecular y evolución de secuencias y estructuras. Agrupamiento de secuencias. Métodos de construcción de árboles filogenéticos.
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• Predicción de estructura de proteínas. Métodos ab initio. Predicción de características 1D. Predicción de estructura 3D mediante modelado por homología y reconocimiento de plegamiento. Sistemas automáticos de predicción.
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Jueves 19.
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• Predicción de estructura de proteínas. Métodos ab initio. Predicción de características 1D. Predicción de estructura 3D mediante modelado por homología y reconocimiento de plegamiento. Sistemas automáticos de predicción.

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• Proteínas: relaciones estructura-actividad. Predicción de interacciones proteína-sustrato y proteína-proteína. Docking in silico.
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Viernes 20.
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• Proteínas: relaciones estructura-actividad. Predicción de interacciones proteína-sustrato y proteína-proteína. Docking in silico.

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• Evaluación del curso. 

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• EJERCICIO DE CURSO: MODELADO DE PROTEÍNAS Y DOCKING DE LIGANDOS.
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• ..Libros de texto:
• Lesk, A.M. "Introduction to bioinformatics" 2dn Ed., Oxford University Press, 2005.  <http://www.oup.com/uk/orc/bin/9780199277872/>
• Claverie, J-M & Notredame, C. "Bioinformatics for Dummies"  2nd. Ed.Wiley Publishing, INC. 2006. <http://www.dummies.com/WileyCDA/DummiesTitle/productCd-0470089857.html>
• Mount, D. " Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis". CSHL Press, 2004.  <http://www.bioinformaticsonline.org/>
 
• Enlaces de interés:

• http://bioinformatics.ucsd.edu/students/courses.cfm
• http://scpd.stanford.edu/scpd/programs/certs/bioinformatics.htm
• http://www.ebi.ac.uk/2can/tutorials/index.html
• http://www.s-star.org/lectures.html...