Profesores <http://www.cbm.uam.es/bioweb>:

Paulino Gómez-Puertas. <pagomez@cbm.uam.es>
Jesús Mendieta Gómez <jmendieta@cbm.uam.es>

Temario de la asignatura: Temario.pdf

Horario: Martes y Jueves de 16:00 - 19:00.
               Aula de Informática CIE5. C-XVI-5ª planta.
               16 Octubre - 20 Noviembre 2007.

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• 1.- Introducción a la Bioinformática. Necesidad del tratamiento informático de datos biológicos. Conceptos básicos. <Intro-07.pdf> (M16-Oct. PGP).

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• 2.- Bases de datos en Biología Molecular. Bases de datos de secuencias de DNA y proteínas. Bases de datos de estructuras tridimensionales de ácidos nucleicos y proteínas. Otras fuentes de información. (M16-Oct. PGP).

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• 3.- Alineamientos de secuencias de ácidos nucleicos y proteínas. Algoritmos de búsqueda en bases de datos de secuencias (Blast, Psi-Blast, HMMs, etc.). Algoritmos de alineamiento múltiple de secuencias. Extracción de información de alineamientos de secuencia: patrones, perfiles y dominios. (J18-Oct. PGP)

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• 4.- Estructura de proteínas. Introducción a la estructura tridimensional de las proteínas. Interacciones macromoleculares. Métodos experimentales de obtención de estructuras de macromoléculas biológicas. Comparación de estructuras. Bases de datos. Visualización. (M23-Oct. PGP / M13-Nov. JMG)

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• 5.- Estructura de ácidos nucleicos. Algoritmos de predicción de estructura secundaria de RNA y DNA. (J25-Oct. PGP) 

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• 6.- Predicción de estructura 3D de proteínas. Modelado por homología y reconocimiento de plegamiento. Algoritmos de obtención de modelos 3D. Sistemas automáticos de predicción. (J25, M30-Oct, M6-Nov. PGP)

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• 7.- Proteínas: relaciones estructura-actividad. Predicción de interacciones proteína-sustrato y proteína-proteína. Docking in silico. (J8-Nov. PGP)

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• 8.- Proteínas: relaciones estructura-actividad. Mecánica Molecular y Dinámica Molecular: dos herramientas para la investigación en biología estructural. Programas y aplicaciones. (M13, J15, M20-Nov. JMG). 
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• 9.- Evaluación.
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• Libros de texto:
• Lesk, A.M. "Introduction to bioinformatics" 2dn Ed., Oxford University Press, 2005.  <http://www.oup.com/uk/orc/bin/9780199277872/>
• Claverie, J-M & Notredame, C. "Bioinformatics for Dummies"  2nd. Ed.Wiley Publishing, INC. 2006. <http://www.dummies.com/WileyCDA/DummiesTitle/productCd-0470089857.html>
• Mount, D. " Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis". CSHL Press, 2004.  <http://www.bioinformaticsonline.org/>
• Enlaces de interés:

• http://bioinformatics.ucsd.edu/students/courses.cfm
• http://scpd.stanford.edu/scpd/programs/certs/bioinformatics.htm
• http://www.ebi.ac.uk/2can/tutorials/index.html
• http://www.s-star.org/lectures.html...
 
• Video "The Inner Life of a Cell":
• Descarga el visor: http://www.martijndevisser.com/blog/flv-player
• Descarga el video en su versión corta: http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/var/InnerLifeofaCell/harvard_cell.flv
• Descarga el video en su versión larga: http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/var/InnerLifeofaCell/Harvard_full_version.flv
• O visita su página en: http://www.studiodaily.com/main/searchlist/6850.html
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• Otros videos interesantes: http://multimedia.mcb.harvard.edu/media.html

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• Evaluación de la asignatura.
 
• Evaluación continuada en base a la información obtenida a través de la participación activa y las aptitudes e interés mostrados en clase: 10%.
• Comentario crítico de un artículo de investigación en Bionformática:  90%
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